醫(yī)院前身為白求恩醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院。成立于1949年11月，是中國(guó)人民解放軍長(zhǎng)春醫(yī)科大學(xué)外科學(xué)院。經(jīng)歷了中國(guó)人民解放軍第三軍醫(yī)大學(xué)第三臨床學(xué)院、中國(guó)人民解放軍第一軍醫(yī)大學(xué)第三臨床學(xué)院、吉林醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院、白求恩醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院。1993年7月，醫(yī)院主體遷至長(zhǎng)春經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)新址。新醫(yī)院由吉林省政府和長(zhǎng)春市政府、國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)投資基礎(chǔ)設(shè)施、日本政府免費(fèi)援助價(jià)值26億日元先進(jìn)設(shè)備共同建設(shè)。為了紀(jì)念中日人民與政府之間的友誼，醫(yī)院被命名為白求恩醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院（中日友誼醫(yī)院）。2000年6月，吉林大學(xué)、白求恩醫(yī)科大學(xué)等五所大學(xué)合并成立了新的吉林大學(xué)，醫(yī)院被稱為吉林大學(xué)中日友誼醫(yī)院。