醫院成立于1956年，第一任主任是著名中醫藥學家、系委員（院士）葉玉泉教授。2013年6月，成為中國中醫藥科學院第一個地方分支機構，是省級公益研究機構、三級綜合中西醫結合醫院、南京中醫藥大學第三臨床醫學院、國家重點中西醫結合醫院、國家藥物臨床試驗機構、國家住院醫師標準化培訓基地、國家中醫應急醫療隊、江蘇省中醫綜合應急醫療救援基地、美國心臟協會(AHA)授權的專業急救技能培訓基地。2011-2012年度被評為江蘇省文明單位，分別通過ISO9001和ISO15189質量管理體系認證。自成立以來，在繼承和創新中取得了顯著的成就。