目前，重慶醫科大學第一附屬醫院由原上海第一醫學院（現復旦大學）附屬醫院于1957年在重慶成立。經過60多年的建設和發展，已成為中國首批集醫療、教學、科研、預防、保健、涉外醫療為一體的三級甲等醫院和重點大型綜合性教學醫院之一。醫院總部設有36個臨床科室，8個醫療技術科室，現有床位3200張。2018年門診數量340.77一萬人，出院病人14.65一萬人次，在手術中5.71一萬次。患者來自全國各地、美國、澳大利亞、日本等國重慶、四川、貴州等周邊省市有24家教學醫院和77家指導醫院。

   目前，醫院總部擁有973名首席科學家、國家杰出青年基金獲得者、國務院學位委員會學科評估小組成員、長江學者、衛生部杰出貢獻專家、第45屆南丁格爾獎章獲得者等大量學術成就高、臨床經驗豐富的知名專家。醫院有295名教授、399名副教授、72名博士導師、409名碩士導師，現享受37名政府津貼專家，現任國家協會、協會學術職位667人，重慶學術技術領導和儲備候選人47人，重慶醫學會副主席58人，重慶醫學會副主席45人。

   目前，醫院總部形成了以神經科學、腫瘤學、脂糖代謝、眼科和重癥醫學為代表的五大優勢學科群體。醫院設有臨床醫學博士后移動站，博士學位授權點32個，碩士學位授權點36個。目前已建成2個國家重點學科和(內科)-傳染病、神經病學)和國家中醫藥重點學科1個(中西醫結合臨床)，國家衛生健康委功能性腦病診治重點實驗室。已被批準為國家臨床教學培訓示范中心。此外，重慶還有34個重點學科，11個重點醫學學科，6個重點實驗室。醫院承擔統計源期刊《中國內分泌外科雜志》。此外，近5年(2013-2017年)，承擔國家973項目、國家高新技術研發計劃(863項目)、國家自然科學基金重點項目、國家重點研發計劃等812個縱向科研項目，并獲得國家科技進步二等獎38項。2017年，國內論文數量居全國醫療機構第20位。