鄂爾多斯中心醫院成立于1950年，是鄂爾多斯唯一的三級綜合醫院，是內蒙古醫科大學臨床醫學院，成立了內蒙古超聲醫學研究所，是自治區超聲質量控制中心，擁有國家重點臨床專業和自治區領先學科超聲醫學。有16個市領先的重點學科，如影像學、骨科、普通外科和眼科。

   醫院是國家衛計委臨床藥師培訓基地和國家住院醫師規范化培訓基地。建立了消化疾病院士工作站、京蒙合作消化疾病醫療中心、內蒙古自治區第三個胸痛中心。腔鏡技術、超聲醫學、影像醫學等專業水平居于自治區先進地位。消毒供應中心是自治區實踐基地。建成國家心力衰竭醫聯體內蒙古自治區中心，神經專業、腫瘤專業、心內專業、呼吸專業成為自治區臨床醫學研究中心核心成員單位。

   醫院設置康巴什部和東勝部，總建筑面積26萬平方米，開放床位1856張。年服務的門診人次、住院人次居自治區前列。擁有PET-CT、寶石CT、3.0T先進的醫療設備，如核磁共振、彩超、血管造影機等。

   醫院有博士生12人，博士生導師1人，碩士生導師35人。有國家、自治區主委、副主委23人。享受國務院特殊津貼的專家1人，國家杰出貢獻的中青年專家1人，內蒙古草原人才2人，自治區杰出貢獻的中青年專家4人，自治區321級人才3人，自治區醫療衛生中青年學術技術帶頭人2人，鄂爾多斯135人，鄂爾多斯拔尖人才4人，鄂爾多斯草原人才 6人，鄂爾多斯人才 7人，老中醫11人，鄂爾多斯科技新星3人，市青年科技新星1人，鄂爾多斯名醫7人。

   醫院積極開展醫療改革和現代醫院管理體系試點，加強醫院黨建工作，去行政化，全員聘用，同工同酬。rbrvs績效考核，實現差異化分配，實現全成本核算。建立區域醫療聯合體，促進分級診療。新的醫療服務項目價格率先在自治區大型醫院啟用。開展了自治區第一個跨省新農村合作醫療制度的即時報告。