該醫院成立于1915年。經過多年的發展，逐漸成為上海鐵路局蚌埠鐵路分局中心醫院，規模大、技術實力強、醫療設備先進、學術水平高。它也是中國最早建立鐵路系統醫院的醫院之一。2000年，醫院與蚌埠醫學院建立了非直接附屬醫院關系。2004年，隨著鐵路體制改革，醫院將鐵路體系分離，正式移交蚌埠醫學院，正式更名為蚌埠醫學院第二附屬醫院，成為安徽省直屬機構的管理順序。

   蚌埠醫學院第二附屬醫院整形外科成立于2000年，是該醫院的重點部門。該部門是一個獨立的病房，擁有整形手術、美容、激光研究所，可進行整形手術、美容手術、注射微整形手術、激光美容和燒傷修復重建手術專業疾病治療，同時有專業門診，可使美容愛好者不出國享受一站式醫療服務。