口腔綜合科成立于2002年11月8日，第一任科主任徐曉教授、現任科主任、學科領導人朱亞琴教授。朱亞琴教授于2003年畢業于上海交通大學醫學院（原上海第二醫科大學），2006年獲博士導師，2008年擔任上海交通大學醫學院第九人民醫院口腔綜合科主任，榮獲上海醫學之星、啟動之星、上海交通大學38紅旗手、優秀教師稱號，現任中國口腔醫學會口腔急診專業委員會副主任、中國口腔醫學協會口腔醫學專業委員會常務委員、上海口腔醫學協會口腔醫學專業委員會主任。臨床專注于口腔疾病的綜合診斷和治療，擅長根管治療-牙齒保存修復、牙齒美容修復、牙外傷序列治療等。第一作者和通訊作者已發表100多篇論文，其中包括SCI收錄論文30篇，主編參與了《現代根管治療》、《老年口腔醫學》、《保存牙科學》、《口腔醫學(綜合)精選模擬練習集》、《住院醫師標準化培訓口腔科示范案例》等10多個專題，主持并完成了國家自然基金等20多個科研項目。

   科室現有醫師33人，研究生學歷占33人81.8%。其中主任醫師2人，副主任醫師6人，包括博士生導師1人，碩士生導師2人。人才項目包括國家留學基金委員會聯合培士1人、上海浦江人才計劃1人、醫學院優秀青年教師1人、醫院優秀青年3人。

   該部門擁有41把牙科綜合治療椅和2把牙片機。配備根管顯微鏡、鎳鈦根管預備系統、熱牙膠填充系統、根管長度測量儀、超聲波清潔機、高頻刀、超聲波骨刀、種植機、電子牙周探針、激光治療儀等先進儀器設備。該部門分為口腔內科、口腔外科、口腔修復等亞專業，開展根管治療、殘根冠綜合治療、牙齒美容治療和修復、牙齒創傷序列治療、種植牙等特色臨床工作。承擔醫院24小時口腔急診任務，口腔全科診療是該部門的醫療特點，年門診急診人數超過15萬人次。同時，它也是口腔醫學院綜合教學門診的負責部門，承擔大量本科生、研究生和輪換醫生的口腔全科和口腔急診臨床教學任務。

   口腔外科是教育部國家重點臨床專科"211工程"第一批和第二批重點建設學科口腔頜面外科的三個分支之一是口腔頜面外科的臨床教學基地。該部門現有專職臨床醫生36人，其中高級職稱13人（主任醫師10人，副主任醫師3人），碩士導師8人，博士導師4人，中級職稱13人，碩士、博士生22人。擔任中華醫學會口腔頜面外科協會會員3人，擔任上海口腔頜面外科協會會員5人，口腔頜面外科協會口腔頜面外科協會口腔頜面外科協會口腔頜面外科協會口腔頜面外科協會口腔頜面外科協會會員1人，口腔頜面外科協會口腔頜面外科協會口腔頜面外科協會人，副主任1人，AO國際固定協會亞太地區有1名講師，其中學科領導人楊志教授擔任中國口腔醫學會口腔頜面外科委員會、顳下頜關節疾病和牙科合學委員會副主席，美國和歐洲顳下頜關節外科醫師協會國際委員。

臨床業務以顳下頜關節、頜神經、頜感染、唾液腺非腫瘤性疾病和牙槽整合手術為特色。該部門目前擁有45張經批準的病房床位，每年有2000多張病房手術。門診關節鏡手術床2張，門診手術床6張（唾液腺鏡手術床1張，種植牙手術床2張）。該部門的門診數量達到18.210000人/年，門診手術量超過12000例/年。顳下頜關節手術和非手術治療近30年，其中關節鏡手術處世界前列(450例/年)，其他顳下頜關節牙頜面畸形治療、創傷、強直、腫瘤、顳下頜關節聯合顱底和下頜重建修復居全國第一，年手術量超過1200例/年。-正畸-正頜、關節-顱底手術的聯合診斷和治療模式。頜面神經學專業以三叉神經痛（藥物、骨管減壓、射頻、放療、顱內血管減壓等）的個性化治療為特點。同時，面癱、面肌抽搐、咀嚼肌抽搐、舌咽神經痛等的治療量約為2500人/年。唾液腺非腫瘤性疾病專業專業治療唾液石癥和干燥綜合征，約1萬人/年。多學科聯合診斷和治療頜骨和胸部嚴重間隙感染近10年，頜面重癥感染患者每年接受150例。在普通牙槽手術的基礎上，結合種植、正畸和骨引導技術，形成了一種新型的綜合牙槽手術（包括微創拔牙和即時種植和正畸）-聯合種植診療、牙槽骨保存、缺損修復等功能性手術)。