黑龍江省中醫藥研究所的前身是黑龍江省祖國醫學研究所（俗稱祖先研究），是中國最早的省級中醫藥研究醫療機構之一。現在，隨著規模的發展和功能的不斷改進，它在1985年被更名為黑龍江省中醫藥研究所。同時，為了充分發揮醫院的醫療優勢，經黑龍江省編委批準的黑龍江省中醫藥醫院牌匾于1995年被評為三級甲級中醫藥醫院；現已發展成為集醫療、科研、研究生教育為一體的綜合性中醫藥研究醫療機構。并被確定為黑龍江省和哈爾濱市城市職工醫療保險和哈爾濱鐵路醫療保險指定醫院。2008年獲衛生部、國家食品藥品監督管理局、國家中醫藥管理局聯合授予的國家衛生系統先進集體榮譽稱號。2008年，被確定為黑龍江省中醫藥管理局和十大工程建設單位。201010年，被評為黑龍江省中醫藥管理局第一、十大工程建設單位。

   醫院占地面積2萬平方米，建筑面積5萬平方米。醫院現有人員1192人，其中在職人員526人，現聘用人員666人，在職專業技術人員980人，在職人員中有22名正副高級職稱專家，享受省政府和國務院專項津貼專家22人，國家中醫藥和省級中醫藥20人。醫院現有國家重點臨床專科2個，國家重點中醫專科(專科)4個，國家重點中醫學科4個，國家重點中醫學科1個，國家三級實驗室5個，省政府重點學科7個，省級重點實驗室1個，省衛生廳重點學科7個。同時，醫院設有中醫、中醫臨床、針灸經絡研究所3個，國家中醫藥改革基地設在醫院。