醫院學科齊全，業務部門47個，臨床部門35個，輔助診所12個，臨床教研室20個，博士授權學科28個，碩士授權學科33個，是臨床博士后移動站。醫院有10個國家重點學科，4個軍事醫學研究所，6個軍事醫學專業技術中心，2個上海醫學領先專業重點學科，2個上海臨床醫學中心，是軍事實驗診斷重點實驗室、國家藥物臨床研究基地、軍事藥物臨床研究基地。