齊齊哈爾醫學院第三附屬醫院成立于1928年，前身為齊齊哈爾鐵路中心醫院。2004年，主輔分離屬于齊齊哈爾醫學院，然后更名為齊齊哈爾醫學院第三附屬醫院。2007年，齊齊哈爾醫學院第七附屬醫院（原齊齊集團醫院、齊齊哈爾腫瘤醫院）合并。

   經過偽滿、抗日戰爭、解放戰爭和新中國的成立，醫院不僅經歷了戰爭的洗禮，而且唱著拯救生命、治愈傷員和救人的頌歌。1946年6月，前四野二縱吳志理擔任醫院院長。后來，吳志理擔任中國人民解放軍醫學科學院副院長、中國醫學會副會長。他帶領員工積極支持東北解放戰爭。腸梗阻在黑龍江省處于領先地位。1951年5月，沈克非、黃宛、盛志勇院士隨抗美援朝醫療隊來到醫院，大力開展胸外、骨外、腦外各種手術治療志愿者。劉波同志是紅色經典小說《林海雪原》作者曲波的妻子，后來被調到北京醫科大學擔任黨委書記。著名表演藝術家葛存壯曾在醫院藥劑科工作。

   現在的齊齊哈爾醫學院附屬第三醫院是集醫療、教學、預防、保健于一體的省內一流高水平學術型醫院。1991年的時候成為全國首批、黑龍江省首家三級甲等醫院，并且2010年通過黑龍江省第二周期醫院等級評審驗收，成為再次的齊齊哈爾市首家三級甲等醫院。現有東西兩個院區，下設有齊齊哈爾市腫瘤醫院、齊齊哈爾分中心、消化分院、2個社區衛生中心、80余個臨床醫技科室、14個教研室。編制床位2000張，占地面積8萬余平方米，現在的建筑面積超過16.1一萬平方米。現有員工2400余人，高級職稱以上專業技術人員近400人，碩士、博士學位占專業技術人員總數的20%。