首都兒科研究所附屬兒童醫院口腔科擁有5個先進的綜合牙科治療平臺，配備超聲波牙科清潔機、光固化機、牙片機和全套牙科設備消毒設備。6名醫生和3名護士有豐富的兒童牙科治療經驗。口腔科與北京大學口腔醫學院兒科建立了良好的合作和溝通關系，醫務人員定期參與國際和國內學術交流，以提高醫療技術水平。口腔科的接待對象是0-18年齡較大的兒童和青少年。還建立了嚴格的醫療消毒隔離制度，確保兒童一顆牙鉆和所有使用設備的清潔和消毒，以避免交叉感染。醫院現擁有教育部兒科國家重點學科和國家優秀教學團隊，是首都醫科大學兒科醫學院和兒科系，現有教授、副教授98人、博士、碩士導師76人，承擔博士、碩士、七年兒科、護理學院、繼續醫學教育等多層次教學任務，擁有博士后移動站，每年為社會提供大量優秀的兒科人才。