上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院前身伯特利醫院成立于1920年。1952年更名為上海第九人民醫院，1964年正式成為上海第二醫科大學附屬第九人民醫院（以下簡稱第九醫院）。2005年，上海第二醫科大學與上海交通大學正式合并，第九醫院更名為上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院（以下簡稱第九醫院）。2014年11月，經上海市人民政府同意，上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院、上海交通大學醫學院附屬第三人民醫院（前寶鋼醫院、三級綜合醫院）資源整合、南北醫院、統一布局、統一管理，上海第三人民醫院優先被命名為上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院（北醫院），第二名為上海交通大學院附屬第三人民醫院。2015年10月，上海市教育委員會批準了上海交通大學院。醫院承擔本市區域基本醫療服務，主要從事急、危重、疑難疾病的治療。也是上海市120指定醫院、上海市口腔干部保健醫療指定醫院。