醫院門診與北京大學、香港科技大學在技術和學術研究方面進行了普遍的溝通與合作，逐步擴大了對外開放的溝通方式。醫院門診與日本癌癥研究有明醫院、日本獨家協會醫學院、南加州大學洛杉磯兒科醫院建立了姐妹醫院門診聯系，與國際著名的休斯頓醫學中心、華盛頓大學醫學中心、麻省理工學院、加利弗犬大學舊金山醫學中心和法國尼斯醫學中心建立了密切的溝通合作聯系，并進行了多次訪問，以改善合作。

   北京大學深圳醫院，原名深圳中心醫院門診，是深圳市政府項目投資完成的智能綜合性醫院。醫院門診于1999年底開業。2001年9月，深圳市政府與北京大學和香港科技大學合作。醫院門診改名為北京大學深圳醫院和北京大學深圳臨床醫學醫院，納入北京大學附屬醫院體系管理。2011年，經廣東省醫院門診審查聯合會審查，被評為三級甲等醫院。

   整形外科經過多年的發展趨勢，整形外科已成為優秀人才的合理配置、強大的技術實力、醫學教學研究的全面發展，在深圳及周邊城市具有一定知名度的技術專業整形外科專業，是廣東省醫學協會整形外科分制協會、廣東醫生研究協會整形外科醫生聯合會常務委員、深圳針灸協會醫學美容技術協會副主席領導小組。深圳科技創新一等獎和高科技成果獎。該部門擁有獨立的醫院門診、醫院病房和診斷室，并引進了一套完整的德國品牌手術室設備和面部輪廓整形外科微動力系統軟件、電動剝離機、抽脂機、激光治療儀器等。

   北京大學深圳醫院整形外科成立于1999年，現有主任醫師2名，副主任醫師3名，主治醫師1名，住院醫師1名。主要技術骨干來自國內知名醫院，接受過正規系統的整形培訓，有的還有留學經驗。科室每年完成5000多種整形手術，涵蓋先天性畸形(如唇腭裂、尿道下裂、兩性畸形)、創傷、燒傷、腫瘤切除后畸形矯正(如疤痕攣縮、組織缺損)、體表器官修復重建(如耳朵重建、乳房重建、陰莖重建)、美容手術(如除皺、雙眼皮、隆鼻、隆乳、吸脂)、各種非手術美容項目(如激光美容、疤痕注射)等。并引進了一套完整的德國進口手術設備和面部輪廓整形手術微動力系統、電動剝離機、吸脂機、激光治療儀等。經過多年的發展，整形外科已成為人才結構合理、技術實力強、醫學教學研究全面發展、深圳及周邊地區具有一定影響力的專業學科，是廣東醫學協會整形外科分會、廣東醫學協會整形外科分會常務委員、深圳醫學協會整形外科委員會副主任。